わたしたちの体には、侵入してきた異物を排除する免疫システムが備わっています。アレルギーも異物に対する防御システムが働いて起こるものですが、原因となる物質（アレルゲン＝抗原）に対して過敏症状を起こしてしまうのです。花粉やダニなどのアレルゲンに接触すると、アレルギー体質の人の体内には「IgE抗体」がつくられます。アレルゲンと抗体は鍵と鍵穴のように結合します（抗原抗体反応）。抗原抗体反応は「肥満細胞」の表面で起こり、これが引き金となって肥満細胞から炎症を引き起こす科学伝達物質（ヒスタミン、ロイコトリエンなど）が放出されます。科学伝達物質が鼻粘膜に作用し、血管のむくみ（浮腫）によって鼻づまりが、知覚神経への刺激によってくしゃみが、副交感神経への刺激によって鼻水が起こるのです。